Reinaldo Alvarez

“Strategie di ‘food mimicry’ in Orchidee”

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gen 192018
 
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up di TeCSBi PhD
Dalla scoperta della biodiversità australiana al dottorato di ricerca, e poi…

Seminari Scientifici – Plant Biodiversity, Food Quality and Human Health.

venerdì 26 gennaio 2018, ore 14:00, Aula 2025, edificio U3.

Daniela Scaccabarozzi, Kings Park & Botanic Garden, Perth, Australia.

Ospite: Massimo Labra – FEM2 Ambiente Srl, ZooPlantLab UNIMIB

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“Erasmus 2017 seminars – Gene regulation and human disease”

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“Erasmus 2017 seminars – Gene regulation and human disease”

dic 142017
 

seminario-100x100

Friday afternoon, room U3-06

October 13 FLYER
13:30: Elena Levantini Beth Israel Deaconess Medical Center, Harvard Medical School, Harvard Stem Cell Institute, CNR-ITB-Pisa.
“Role of transcription factor genes involved in normal hematopoietic differentiation and their dysregulation in lung cancer”

October 20 FLYER, review
13:00 Irma Dianzani Laboratorio di Patologia Genetica, Dipartimento di scienze mediche, Università del Piemonte Orientale “Amedeo Avogadro”, Novara.
“Ribosomal stress and disease: the example of Diamond Blackfan Anemia”

November 10 FLYER
13:30: Anna Villa Consiglio Nazionale delle Ricerche- IRGB, SR-Tiget Unit, Ospedale San Raffaele – Milano.
Rag expression and immune dysregulation

November 17 FLYER
13:30: Graziella Messina , Dipartimento di Bioscienze, Università di Milano.
Gene regulatory networks controlling muscle development and disease

November 24 FLYER
14:00: Angelo Lombardo, San Raffaele Telethon Institute for Gene Therapy (SR-TIGET), Vita-Salute San Raffaele University (UniSR), Milano
Targeted (epi)genome editing for therapeutic applications
15:30: Annarita Miccio, Institut des Maladies Génétiques (Imagine Institute), Paris
Functional study of disease-relevant gene regulatory elements by genome editing and targeted modification

December 1 FLYER
13:30: Marta Serafini, Dulbecco Telethon Institute – Centro Ricerca M. Tettamanti, Monza
Evolving models of the hematopoietic stem cell niche

December 15 FLYER
14:00: Giulio Pavesi, Dipartimento di Bioscienze, Università di Milano
Bioinformatic approaches to the analysis of gene expression and its regulation
15:30: Enrico Domenici, Centre for Integrative Biology, University of Trento
Genetics of gene expression in the brain: insights on the polygenic nature of schizophrenia

Host: Silvia Nicolis, Antonella Ronchi – ERASMUS Program

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BtBsDay2017

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dic 012017
 
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BtBsDay2017 Twitter

mercoledì, 13 dicembre 2017
8:45 – 17:30
Aula “Luisella Sironi” U4-8, building U4
Poster session – Galleria delle Scienze (U3-U4), floor underground
Dipartimento di Biotecnologie e Bioscienze
Università degli Studi Milano-Bicocca
Piazza della Scienza 2, 20126 Milano

Programma e altre informazioni

web-site 50x50http://btbsday.btbs.unimib.it/

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“Toward new strategies of biodiversity conservation in farmland. What do we need to know about animal – agroecosystem interactions?”

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nov 272017
 
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martedì 12 dicembre 2017, ore 15:30, Aula U4-06, edificio U4.

Giacomo Assandri, University of Pavia, Dept. of Earth and Environmental Sciences, Pavia. – MUSE Sezione Zoologia dei Vertebrati, Trento

Ospite: Andrea Galimberti
Dipartimento di Biotecnologie e Bioscienze, Università di Milano-Bicocca.

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“Discussion of the PhD thesis”

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nov 252017
 
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lunedì 11 dicembre 2017, ore 10:30, Aula 2025, edificio U3.

Ph.D COURSE IN LIFE SCIENCE – CYCLE XXIX

Federica Musitelli
Aves remores: responses of migratory birds to climate change and habitat alteration.

Veronica Larcher
TET2 regulates hypoxia-induced cardiomyocyte proliferation

Tutors: Roberto Ambrosini, Marcella Rocchetti
Coordinator: Marco Vanoni

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“The invasive Pallas’s squirrel in Italy: how wildlife research and management can be strictly related”

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nov 242017
 
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venerdì 1 dicembre 2017, ore 9:00, Aula U3-09, edificio U3.

Maria Vittoria MazzamutoUAGRA, Department of Theoretical and Applied Sciences, Università degli Studi dell’Insubria, Varese, Italy

Il seminario viene effettuato nell’ambito della laurea magistrale in Biologia per il corso: “Biologia delle Interazioni Animali”

Ospite: Andrea Galimberti
Dipartimento di Biotecnologie e Bioscienze, Università di Milano-Bicocca.

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“Strutture a quadrupla elica del DNA: da semplici “stranezze” a promettenti strumenti terapeutici, diagnostici e nanotecnologici”

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nov 202017
 
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mercoledì 29 novembre 2017, ore 10:30, Aula U3-10, edificio U3.

Nicola Borbone, Dipartimento di Farmacia, Università degli Studi di Napoli Federico II, Napoli.

Le strutture a quadrupla elica del DNA, note come G-quadruplex, costituiscono una classe di biomolecole tra le più promettenti nel campo delle applicazioni mediche, diagnostiche e nanotecnologiche. A partire dal 1962, anno in cui fu identificata per la prima volta la G-tetrade (l’elemento strutturale caratterizzante le G-quadruplex), la rilevanza scientifica delle G-quadruplex è cresciuta ininterrottamente; in particolare dalla fine degli anni ’80 quando la formazione di tetradi di G nel DNA telomerico fu associata alla regolazione della replicazione dei telomeri. Al momento si stima che nel genoma umano ci siano più di 1.000.000 di sequenze potenzialmente in grado di ripiegarsi in G-quadruplex, la maggior parte delle quali localizzate in regioni biologicamente rilevanti (promotori di oncogeni, immunoglobuline switch region, telomeri e hot-spots per la ricombinazione genetica) e pertanto bersaglio di intervento farmaceutico. Inoltre, a causa della elevatissima selettività di legame di alcune G-quadruplex con specifiche proteine, sequenze oligonucleotidiche formanti G-quadruplex possono essere impiegate come aptameri ed in diagnostica. Infine, grazie alla buona conducibilità elettrica mostrata dalle G-wires, G-quadruplex supramolecolari che possono raggiungere e superare il micrometro, numerosi sforzi sono dedicati alla messa a punto di metodi sintetici che consentano l’ottenimento controllato e riproducibile di G-wires aventi lunghezza e struttura predeterminata e pertanto utilizzabili in nanoelettronica.

In questo seminario, dopo una breve descrizione delle principali caratteristiche strutturali delle G-quadruplex, saranno presentati lo sviluppo di una nuova classe di aptameri ad attività anti-HIV e la messa a punto di una nuova strategia sintetica per l’ottenimento di G-wires di lunghezza predeterminata partendo da corti frammenti oligonucleotidici incorporanti una inversione di polarità 3’-3’.

Borbone

Ospite: Luca De Gioia, Dipartimento di Biotecnologie e Bioscienze, Università di Milano-Bicocca.

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“Surveillance of antibiotic resistance in human populations through urban wastewater”

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nov 202017
 
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venerdì 24 novembre 2017, ore 10:30, Aula 2025, edificio U3.

Patricia Huijbers, Department of Infectious Diseases of the University of Gothenburg, Sweden.

Ospite: Maurizio Casiraghi e Massimo Labra
Dipartimento di Biotecnologie e Bioscienze, University of Milano-Bicocca

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“Cell Reprogramming 2.0: toward the next decade of iPS cell biology and disease modeling”

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nov 192017
 
Dimet avatar

Dimet PhD Program UNIMIB
November 23 – 24, 2017, Building U1, Room Marchetti

DIMET Course November 23 – 24, 2017

Organized by: Vania Broccoli, Marta Serafini, Valeria Tiranti

PROGRAM

Thursday, November 23, 2017

University of Milano-Bicocca, Piazza della Scienza 1, Milan, Building U1, Room Marchetti

Cell reprogramming: mechanisms, technologies, cell differentiation

09:15 – 10:15 “Generation and maintenance of Pluripotent Stem cells from mice and humans”
Graziano Martello, Dipartimento di Medicina Molecolare, Università degli Studi di Padova

10:15 – 11:15 “A view of human hematopoietic development and disease from the Petri dish”
Andrea Ditadi, Human hematopoietic development and disease modeling unit, San Raffaele Telethon Institute for GeneTherapy, Milano

11:15 – 11.45 BREAK

11:45 – 12:45 “Combining genomic and metabolic engineering to improve pluripotent stem cell derived hepatocyte generation”
Catherine M. Verfaillie, Department of Development and Regeneration, Stem Cell Institute, Katholieke Universiteit Leuven.

12.45 – 13.45 LUNCH

13:45 – 15:45 DIMET PhD students (oral presentations)

Friday, November 24, 2017
University of Milano-Bicocca, Piazza della Scienza 1, Milan, Building U1, Room Marchetti

iPSC technology to model diseases in the dish

09:15 – 10:15 “A question of life and death for Parkinson’s disease dopaminergic neurons”
Vania Broccoli, CNR – National Research Council Institute of Neuroscience and Stem Cells and Neurogenesis Unit, Division of Neuroscience, San Raffaele Scientific Institute, Milano

10:15 – 11:15 “Patient-specific iPSCs for cell therapy applications and disease modelling of lysosomal storage diseases”
Angela Gritti, Gene/neural stem cell therapy for lysosomal storage diseases, San Raffaele Telethon Institute for Gene Therapy, Milano

11:15 – 11.45 BREAK

11:45 – 12:45 “iPSCs in Mitochondrial Medicine”
Alessandro Prigione, Mitochondria and Cell Fate Reprogramming, Dept of Neuroproteomics, Max Delbruck Center For Molecular Medicine, Berlin

12.45 – 13.45 LUNCH

13:45 – 15:45 DIMET PhD students (oral presentations)

web avatar :www.dimet.org

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“Pollination ecology: single species and complex networks”

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nov 182017
 
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Seminario Twitter BtBs UNIMIB
venerdì 24 novembre 2017, ore 8:45, Aula U3-09, edificio U3.

Paolo Biella, Department of Zoology, Faculty of Science, University of South Bohemia, Ceské Budejovice, Czech Republic. – Institute of Entomology, Biology Centre of the Academy of Sciences of the Czech Republic, Ceské Budejovice, Czech Republic.

Il seminario si svolge nell’ambito del corso nuovo corso di laurea magistrale in “Biologia delle Interazioni Animali”

Ospite: Andrea Galimberti
Dipartimento di Biotecnologie e Bioscienze, University of Milano-Bicocca

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“Regenerative inflammation in the CNS: Innate and adaptive immune mechanisms in myelin repair.”

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nov 132017
 

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giovedì 16 novembre 2017, ore 11:30, U28 Nanomedicine Building (Via Raoul Follerau 3 – Vedano al Lambro (MB)

Dr. Yvonne Dombrowski, Centre for Experimental Medicine Queen’s University Belfast, UK. @QUBelfast

Personal page: Dr. Yvonne Dombrowski

Bio & Research Interest: Dr Yvonne Dombrowski is an immunologist with an interest in immune mechanisms that shape human health and disease. She earned her PhD from the Julius-Maximilian University Wurzburg, Germany, where she studied immune >>>

Dombrowski account Twitter: @DombrowskiQUB

Ospite: Dr. Laura Russo

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nov 102017
 
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LogoAlternanza
Partecipazione al MEETmeTONIGHT 2017
alternanza1

Progetto alternanza Scuola/Lavoro a BtBs

Il Dipartimento di Biotecnologie e Bioscienze dell’Università Milano-Bicocca propone un progetto che permetta agli studenti delle scuole superiori di conoscere e sperimentare l’università, non solo come luogo di formazione, ma come luogo di lavoro. La possibilità di frequentare l’ambiente universitario permette, agli studenti delle scuole superiori, di iniziare un percorso di orientamento per le loro scelte formative future.

Il Dipartimento di Biotecnologie e Bioscienze ha il grande vantaggio di presentare una notevole varietà di ambiti lavorativi, dalla ricerca in laboratori all’avanguardia su molte tematiche scientifiche di frontiera, a gruppi di lavoro che organizzano eventi scientifici di rilievo (congressi e meeting). Esiste poi una parte di attività che ha che fare con la divulgazione ed è indirizzata verso soggetti esterni; l’organizzazione di giornate di orientamento, sia in ingresso che in itinere, eventi per la comunicazione con il grande pubblico o con le aziende.

      Ricerca

      -Capacità di lavorare in gruppo
      -Capacità di fare rete
      -Flessibilità
      -Rispetto delle norme di sicurezza in laboratorio

      Eventi scientifici (congressi, meeting)

      -Capacità di lavorare in gruppo
      -Flessibilità
      -Sviluppo di capacità atte al problem solving
      -Capacità relazionali

      Divulgazione/Rapporti con il territorio

      -Capacità di lavorare in gruppo
      -Flessibilità
      -Sviluppo di capacità atte al problem solving
      -Capacità relazionali
      -Capacità di fare rete

altre informazioni


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“DNA e geni. Le grandi scoperte del ‘900 e poi?”

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nov 102017
 
bookcity

Boncinelli

venerdì 17 novembre 2017, ore 15:30, edificio U12, via Vizzola 5

Edoardo Boncinelli

Bicocca per BookCity Milano 2017

Le tappe fondamentali della storia della biologia e le prospettive future in ambito medico ed etico.

Moderatore: Laura Cipolla – Dipartimento di Biotecnologie e Bioscienze, University of Milano-Bicocca

info: www.unimib.it/bookcity

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“PhDs in Yeast Biotechnology”

 Novità  Comments Off on “PhDs in Yeast Biotechnology”
nov 052017
 
horizon2020

Horizon2020
12 Early Stage Researcher (ESR) positions are now available in the Marie Skłodowska-Curie Actions European Joint Doctoral Programme YEASTDOC

What we offer:
• A mentored PhD research project in a leading European Yeast Biotechnology Centre
• Joint registration for a PhD at a two top level European Universities
• Secondment to the industrial sector
• A comprehensive training programme
• A 36 month contract on EU Marie Curie rates (€37,320k/pa + mobility allowance)

What we require:
• An MSc degree in microbiology, biochemistry, biotechnology or similar discipline
• Demonstrated track record of motivation and high academic achievement
• Ability to work independently and in a team environment
• Compliance with EU Marie Curie ITN eligibility requirements (see https://yeastdoc.eu/)
• Willingness to undertake secondments and training with different partners
• Excellent English language skills

Further details about YEASTDOC, a description of the PhD research projects, eligibility criteria and application details can be found on the YEASTDOC website https://yeastdoc.eu/

Closing date for applications: on or before Monday 13th November, 2017

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“Erasmus week (October 23-26, 2017) – University of Milano-Bicocca”

 Seminari  Comments Off on “Erasmus week (October 23-26, 2017) – University of Milano-Bicocca”
ott 162017
 

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The course is part of the Double Diploma program for students of the University of Milano-Bicocca and the University of Paris 7 (Paris Diderot)

Monday 23
9.30-11.15 Stefano Campaner
Using Genomics to study oncogenic transcription factors
11.15-13.00 Emanuele Azzoni
Key microenvironmental signals in developmental hematopoiesis
14.30-16.15 Jean-Pierre Couty
Tumor microenvironment and liver carcinogenesis

Tuesday 24
9.30-11.15 Daniela Ferrari
Neural Stem Cells: brain niches and neurodegenerative diseases
11.15-13 Jean-Pierre Couty
Role of autophagy during colorectal tumorigenesis
14.30-16.15 Poster session
(Gangway between Bldgs. U3 & U4, 2nd floor)

Wednesday 25
11.15-13 Jean-Marc Verbavatz
Small G protein function in vesicular trafficking, lipid homeostasis and organelle dynamics

Thursday 26
9.30-11.15 Diletta Fontana
Role of somatic ETNK1 mutation in the mitochondrial activity
11.15-13 Luisa Fiandra and Elisabetta Galbiati
Protein targeted nanodevices for breast cancer therapy
14.30-16.15 Michela Clerici
The cellular response to DNA breakage

Lectures will be held in room 2025, 2nd floor, Building U3, Piazza della Scienza 2, Milano – FREE ACCESS

Dr. Emanuele Azzoni is at the MRC Molecular Haematology Unit MRC Weatherall Institute of Molecular Medicine, University of Oxford, John Radcliffe Hospital, United Kingdom
Dr. Stefano Campaner is at the Center for Genomic Science, Fondazione Istituto Italiano di Tecnologia (IIT), Milan
Prof. Jean-Pierre Couty is at the Institut Cochin, INSERM u1016, University Paris Descartes, Paris and UFR Sciences du Vivant Université Paris Diderot
Dr. Diletta Fontana is at the Laboratory of Molecular Oncology, Dept. of Medicine and Surgery, University of Milano-Bicocca, Monza
Prof. Jean-Marc Verbavatz is at the Institut Jacques Monod, UMR 7592, Université Paris Diderot Sorbonne Paris Cité, Paris, France
Prof. Michela Clerici, Dr. Daniela Ferrari, Dr. Luisa Fiandra, Dr. Elisabetta Galbiati, Prof. Antonella Ronchi are at the Dept. of Biotechnologies and Biosciences, University of Milano-Bicocca, Milan

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“Elucidation of weak organic acid resistance mechanisms in non-Saccharomyces yeast”

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ott 112017
 

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A case study of Zygosaccharomyces parabailii and Kluyveromyces marxianus

Discussion of the PhD thesis – CYCLE XXIX

mercoledì 25 ottobre 2017, ore 14:00, aula U7-9, edificio U7

Dott. Nurzhan Kuanyshev

Tutor: Prof. Paola Branduardi
Co-tutor: Dr. John P. Morrissey, University College Cork
Coordinator: Prof. Marco Vanoni

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“The usefulness of useless knowledge: on the vital role of basic research in realizing societies’ dreams and aspirations”

 Seminari  Comments Off on “The usefulness of useless knowledge: on the vital role of basic research in realizing societies’ dreams and aspirations”
ott 062017
 

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lunedì 16 ottobre 2017, ore 11:00, edificio U12, Auditorium, via Vizzola 5, Milano.

Helmut Schwarz, president, Alexander von Humboldt Foundation

«Parleremo dell’importanza della ricerca di base, non finalizzata ad applicazioni dirette, perché è da questo tipo di ricerca che in passato sono arrivate le rivoluzioni più profonde». Così Gianfranco Pacchioni, prorettore alla Ricerca dell’Università di Milano-Bicocca, introduce l’incontro con Helmut Schwarz, presidente dell’Alexander von Humboldt Foundation e tra i massimi esperti internazionali nel campo della chimica molecolare. Helmut Schwarz

L’incontro, organizzato dalla Scuola di dottorato dell’Ateneo, aprirà dunque il dibattito sull’importanza della ricerca di base partendo proprio dall’esperienza di Schwarz.

«Da sempre – aggiunge il professor Pacchioni – l’obiettivo della ricerca è di migliorare la vita di tutti e di risolvere le sfide aperte che l’umanità si trova ad affrontare: dal cibo all’ energia, dall’inquinamento al surriscaldamento del pianeta, dall’invecchiamento della popolazione alla tutela dell’acqua. Per affrontare alcuni di questi problemi occorrono dei “breakthroughs”, salti fondamentali, che solo la ricerca di base può fare».

«Il dottorato di ricerca – spiega Giovanna Iannantuoni, presidente della Scuola di dottorato – rappresenta un’occasione imperdibile per i giovani ricercatori, quella di investire sul proprio futuro sviluppando idee innovative ed ambiziose. In particolare la scelta di temi legati alla ricerca di base è una sfida fondamentale per lo sviluppo dell’economia del nostro Paese».

Intervengono

Gianfranco Pacchioni, prorettore alla Ricerca, Università di Milano-Bicocca

Helmut Schwarz, president, Alexander von Humboldt Foundation

info: UNIMIB

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“Presentazione lavori di ricerca Dottorandi XXX ciclo”

 Seminari  Comments Off on “Presentazione lavori di ricerca Dottorandi XXX ciclo”
ott 052017
 

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lunedì 9 e martedì 10 ottobre 2017

Dottorato di Ricerca in Biologia e Biotecnologie

Lunedì 9 ottobre 2017


ORE 14,30 AULA U1-09
Dr. Fiona Zucchetti
“Transposon based technology in DHFR knockout CHO cell line improves generation of AMH high producing clones for industrial applications”
Dr. Fabio Facchini
“Design and Development of new Lipid A mimetics to reduce Toll-like receptor 4 (TLR4)-mediated inflammation in inflammatory bowel disease (IBD)”
Dr. Lenny Zaffaroni
“Production of human MD-2 and development of ligand binding assays for the characterization of Toll-Like Receptor 4 modulator”
Dr. Davide Maggioni
“New insights into the diversity, ecology, and evolution of the Zancleida (Hydrozoa, Cnidaria)”
Dr. Jacopo Vertemara
“Computational modelling of macromolecules: prediction of the 3D structure, catalytic activity and dynamic features of proteins”

Martedì 10 ottobre 2017


ORE 14,00 AULA U1-06
Dr. Marco Brambilla
“Pab1, stress granules and stress tolerance: isolation of Saccharomyces cerevisiae mutants with improved thermotolerance”
Dr. Giulia Tedeschi
“Looking for conformational rules in disordered proteins – The K project -”
Dr. Nicolò Morè
“Lipopolysaccharide transport and peptidoglycan remodelling: two related processes in Escherichia coli.”
Dr. Valerio Mezzasalma
“Grape microbiome as a reliable and persistent signature of field origin and environmental in wine production”
Dr. Matteo Villa
“Role of the S. cerevisiae Rad9 protein in protecting stalled replication forks from degradation”
Dr. Melissa Saibene
“Effects of gold nanoparticles with different shape on an in vitro 3D tetraculture alveolar model”

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Master BIOCIRCE – Bioeconomy in the Circular Economy

 Novità  Comments Off on Master BIOCIRCE – Bioeconomy in the Circular Economy
ott 022017
 
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Biocirce is an interdisciplinary II Level Master jointly offered by 4 Universities and 4 non-academic partners.

Università di Bologna
Università degli Studi di Milano-Bicocca
Università degli Studi di Napoli Federico II
Università degli studi di Torino
INTENSA SAN PAOLO
Novamont S.p.A.
GFBiochemicals Ltd
PTP – Science Park

The Master’s program offers an extensive training program for professionals interested in working within the bio-based goods and services industry using biological resources and bio-technological processes.

The program allows professionals to go in depth in all the aspects related to the R&D, production and marketing sides of bio-based products, whilst using the latest technology.

CALL IS NOW OPEN FOR THE SECOND EDITION OF THE MASTER!
APPLICATION DEADLINE: 31 OCTOBER 2017

CALL MASTER

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set 282017
 
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Marhe-workshop-2017-ott
6-15 novembre 2017
Magoodhoo Island – Maldives

ISCRIZIONI ENTRO IL 1 SETTEMBRE 2017

MaRHE Center
Centro di Alta Formazione e Ricerca
Isola di Magoodhoo – Atollo di Faafu – Maldive
Coordinatore: Prof. Paolo Galli
Referenti: Davide Maggioni, Luca Fallati
Per informazioni e iscrizioni scrivere a: marhe@unimib.it

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“DNA Topology”

 Seminari  Comments Off on “DNA Topology”
set 262017
 

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venerdì 6 ottobre 2017, ore 11:00, aula U4-8, edificio U4

De Witt Sumners, Robert O. Lawton Distinguished Professor of Mathematics and member of the Institute of Molecular Biophysics, Department of Mathematics, Florida State University

Abstract: Cellular DNA is a long, thread-like molecule with remarkably complex topology. Enzymes that manipulate the geometry and topology of cellular DNA perform many vital cellular processes (including segregation of daughter chromosomes, gene regulation, DNA repair, and generation of antibody diversity). Some enzymes pass DNA through itself via enzyme-bridged transient breaks in the DNA; other enzymes break the DNA apart and reconnect it to different ends. In the topological approach to enzymology, circular DNA is incubated with an enzyme, producing an enzyme signature in the form of DNA knots and links. By observing the changes in DNA geometry (supercoiling) and topology (knotting and linking) due to enzyme action, the enzyme binding and mechanism can often be characterized. This talk will discuss topological models for DNA strand passage and exchange, including the analysis of site-specific recombination experiments on circular DNA and the analysis of packing geometry of DNA in viral capsids.

Statement of Research Interests

I am interested in the applications of topology to molecular biology and polymer configuration, both in theory development and computational simulation. Another interest is the mathematical analysis of human brain functional data.

Molecular Biology
The DNA of all organisms has a complex and fascinating topology. It can be viewed as two very long, closed curves that are intertwined millions of times, linked to other closed curves, tied into knots, and subjected to four or five successive orders of coiling to convert it into a compact form for information storage. For information retrieval and cell viability, some geometric and topological features must be introduced, and others quickly removed. Some enzymes maintain the proper geometry and topology by passing one strand of DNA through another via an enzyme-bridged transient break in the DNA; this enzyme action plays a crucial role in cell metabolism, including segregation of daughter chromosomes at the termination of replication and in maintaining proper in vivo (in the cell) DNA topology. Other enzymes break the DNA apart and recombine the ends by exchanging them. These enzymes regulate the expression of specific genes, mediate viral integration into and excision from the host genome, mediate transposition and repair of DNA, and generate antibody and genetic diversity. These enzymes perform incredible feats of topology at the molecular level; the description and quantization of such enzyme action absolutely requires the language and computational machinery of topology.

The long-range goal of this project is to develop a complete set of experimentally observable topological parameters with which to describe and compute enzyme mechanism and the structure of the active enzyme-DNA synaptic intermediate. One of the important unsolved problems in biology is the three-dimensional structure of proteins, DNA and active protein-DNA complexes in solution (in the cell), and the relationship between structure and function. It is the 3-dimensional shape in solution which is biologically important, but difficult to determine. The topological approach to enzymology is an indirect method in which the descriptive and analytical powers of topology and geometry are employed in an effort to infer the structure of active enzyme-DNA complexes in vitro (in a test tube) and in vivo. In the topological approach to enzymology experimental protocol, molecular biologists react circular DNA substrate with enzyme and capture enzyme signature in the form of changes in the geometry (supercoiling) and topology (knotting and linking) of the circular substrate. The mathematical problem is then to deduce enzyme mechanism and synaptic complex structure from these observations.

Polymer Conformations
Polymers in dilute solution can be modeled by means of self-avoiding walks on a lattice, the lattice spacing serving to simulate volume exclusion. Topological entanglement (knotting and linking) restricts the number of configurations available to a macromolecule, and is thus a measure of configurational entropy. A linear polymer can be modeled as a self-avoiding walk (SAW) on the simple cubic lattice; a ring polymer can be modeled as a self-avoiding polygon (SAP) on that same lattice. Microscopic topological entanglement of polymer strands is believed to effect macroscopic physical characteristics of polymer systems, such as the stress-strain curve, rubber elasticity, and various phase change phenomena. Physical properties of semicrystalline polymers are believed to strongly depend on entanglement of polymer strands in the amorphous region. Knots in linear polymers may be trapped as “tight knots” by the crystallization procedure. The dependence of knotting probability on chain thickness can be exploited in a cyclization reaction on linear DNA to determine the effect of salt concentration on chain diameter due to Coulomb shielding. Mathematical models include discrete models on regular lattices, and continuum models in 3-space. In the asymptotic regime (lengths going to infinity) on the simple cubic lattice and in the continuum,one can prove that almost all sufficiently long chains are knotted, almost all sufficiently long circles are chiral, and that the topological entanglement complexity (measure in many ways) goes to infinity at least linearly with the length. For short chains, the pivot algorithm is known to be ergodic on self-avoiding walks and polygons in the simple cubic lattice, and it provides a computationally efficient method for computing entanglement statistics for short chains. Energetic terms can be introduced into the in the Metropolis Monte Carlo computations for knot probability to simulate both solvent quality and Coulomb shielding, producing knot probability curves that qualitatively agree with laboratory random knotting results and other Monte Carlo models (the worm-like model) which include volume exclusion.

Human Brain Project
As a member of an interdisciplinary Human Brain Project research team, I am interested in the mathematical analysis and visualization of human brain functional data. We use cerebral blood flow as a marker for neural activity, obtaining data on blood flow using the modalities of positron emission tomography (PET) and functional magnetic resonance imaging (fMRI). My student Ivo Dinov and I are investigating the use of fractal and wavelet encoding of brain architecture (high resolution magnetic resonance imaging (MRI) scans) and 3-D images of activation foci produced by PET and fMRI scans. The signal-to-noise ratio is low in these human brain functional modalities, and there are serious difficulties inherent in comparing functional data across scans, subjects, groups and modalities. We intend to use these new encoding algorithms, plus other geometrical and topological ideas to aid the group effort in the study of human brain functional data.

Ospite: Renzo L. Ricca
Department of Mathematics & Applications
University of Milano-Bicocca

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“MEETmeTONIGHT 2017”

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set 182017
 
Faccia meet

MMT17

29-30 settembre 2017

2 Giornate faccia a faccia con la ricerca

Il nostro dipartimento partecipa al MEETmeTONIGHT 2017 con due iniziative, stand SA03 e AS03
scarica le iniziative BtBs nel MMT17


Pianeta zuccheri


Stand SA03
Resp. Barbara La Ferla
i docenti coinvolti sono Barbara La ferla, Michela Ceriani e Elena Sacco.

Lo sapevate? Ciò che distingue un gruppo sanguigno dall’altro sono gli zuccheri.
Oltre ad essere una fonte energetica, gli zuccheri sono anche alla base di molti fenomeni che avvengono nel nostro corpo.
Li vedremo all’opera su cellule di lievito e mammifero in coltura, visualizzate a microscopio, e scopriremo il loro comportamento a contatto con altre sostanze. Con l’aiuto di modellini molecolari, capiremo anche perché gli zuccheri sono dolci.

tutti zuccheri 1


Il circo del benessere


Stand AS03
Resp. Massimo Labra

Un vero circo con tre numeri: il “Clown delle risorse naturali” ci mostrerà come trasformare scarti vegetali in antiossidanti utili per cosmetici e alimenti; il “Domatore delle biotrasformazioni” sfrutterà lieviti, batteri e alghe per ottenere composti di valore dagli scarti agroindustriali e infine gli “equilibristi degli alimenti” ci dimostreranno come bilanciare correttamente gli alimenti in relazione agli stili di vita.


informazioni:
http://www.meetmetonight.it/
@meetme2night
https://www.facebook.com/meetme2night

scarica il programma
MMT17_MILANO

“Smetto quando voglio? Viaggio nella dipendenza”

 Novità  Comments Off on “Smetto quando voglio? Viaggio nella dipendenza”
set 102017
 

smetto
mercoledì 27 settembre 2017, ore 14-18:30, Edificio U6 (Aula Magna) – Piazza dell’Ateneo Nuovo 1, Milano

Una giornata destinata alla formazione degli insegnanti, aperta anche a tutti gli studenti interessati.

L’evento si inserisce nelle iniziative del Piano Lauree Scientifiche (PLS) organizzate dal Dipartimento di Biotecnologie e Bioscienze dell’Università degli studi di Milano-Bicocca , in collaborazione con altri dipartimenti e partner esterni.
L’idea che anima gli incontri è quella di fornire chiavi di lettura interdisciplinari su tematiche di grande interesse e l’argomento di questo appuntamento riguarda le dipendenze, osservate dal punto di vista della ricerca e dell’intervento.

L’iniziativa prevede il rilascio di un certificato di partecipazione.

Per informazioni sul programma e iscrizioni: http://www.smettoquandovoglio.unimib.it/

Ingresso gratuito

Vi aspettiamo tutti a questo interessantissimo evento sulla dipendenza dalle droghe vista da un punto di vista scientifico!

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set 092017
 
Bio-Rad

Bio-Rad free
mercoledì 20 settembre 2017, ore 14:30, aula U3-09, edificio U3

Corsi gratuiti per gli utenti di strumentazione e software Bio-Rad

IMPROVE YOUR KNOWLEDGE IN YOUR BIO-RAD PRODUCTS

ImageLab Software per analisi di immagine consigliato per GelDoc e ChemiDoc users

Workshop di aggiornamento per scoprire nuove funzioni: ottimizzazione delle immagini, miglioramento delle acquisizioni, elaborazione di profili e bande a scopo quantitativo, normalizzazione di Western Blot attraverso HKP e TPN (Stain-Free).

Iscriviti GRATIS inviando una mail a: marcotronconi@gmail.com

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